Ενώπιον της Δικαιοσύνης βρίσκονται 14 άτομα, με πρωταγωνιστές τους μοναχούς Εφραίμ και Αρσένιο. Ανάμεσα στους κατηγορούμενους, στελέχη της Κτηματικής Εταιρίας του Δημοσίου και η συμβολαιογράφος Αικατερίνη Πελέκη. Μήλον της έριδος, η λίμνη Βισθονίδα και οι παραλίμνιες εκτάσεις, τις οποίες η Μονή Βατοπαιδίου υποστηρίζει ότι έχει στην κατοχή της με αυτοκρατορικά Χρυσόβουλα του 1080 και πως ουδέποτε προσπάθησε να τα αποκτήσει με παράνομες πράξεις. Η υπόθεση ήρθε στο φως το 2008 μετά τις καταγγελίες για παράνομες ανταλλαγές της λίμνης με φιλέτα του δημοσίου παρά το γεγονός ότι υπήρχε αμφισβήτηση γύρω από την κυριότητα της Μονής επί της λίμνης και των παραλίμνιων εκτάσεων.
Η Μονή είχε μάλιστα προσφύγει στα δικαστήρια το 2003 διεκδικώντας την κυριότητα, αλλά λίγο πριν εκδοθεί η απόφαση του Πολυμελούς Πρωτοδικείου της Ξάνθης, ο τότε υπουργός Οικονομικών υπέγραψε την παραίτηση του δημοσίου από τις αξιώσεις του, στηριζόμενος σε αποφάσεις του Νομικού Συμβουλίου και άλλων φορέων, αναφέρει σχετικά το Mega. Σύμφωνα με το βούλευμα, οι ενέργειες και οι πράξεις των κατηγορουμένων που κατηγορούνται για τα αδικήματα της απιστίας και της ψευδούς βεβαίωσης, έπληξαν τα συμφέροντα του Δημοσίου.
Εκτός από τους Εφραίμ και Αρσένιο, κατηγορούμενοι είναι ακόμη στελέχη της Κτηματικής Εταιρίας του Δημοσίου, η συμβολαιογράφος Αικατερίνη Πελέκη και ο αδελφός της, ο πρώην γγ του υπουργείου Γεωργίας Κ. Σκιαδάς, στελέχη του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, κ.α. Οι εξεταστικές επιτροπές έμειναν μόνο σε πολιτικές ευθύνες, ενώ η προανακριτική παρέπεμψε τους υπουργούς Μπασιάκο, Κοντό και Δούκα στο δικαστικό συμβούλιο για το αδίκημα της απιστίας. Ωστόσο οι δικαστές έκριναν ότι για τους τρεις υπουργούς τα όποια αδικήματα έχουν παραγραφεί, δίνοντας τη σκυτάλη στην εφέτη ανακρίτρια και στην απόδοση ευθυνών μόνο για τα μη πολιτικά πρόσωπα.
