Τον χειμώνα που μας πέρασε ο Μιχάλης Παυλής αποκάλυψε σε τηλεοπτική του συνέντευξη ότι μάχεται τα τελευταία 2,5 χρόνια κατά της σκλήρυνσης κατά πλάκας και συγκήνησε το φίλαθλο κοινό. Από το 2010 γνώριζε και γνώριζαν όλοι στην ΑΕΚ το πρόβλημά του. Ο μαχητής Παυλής, όμως, επέλεξε να μην πετάξει λευκή πετσέτα και, παρά τις αντίθετες συστάσεις πολλών γιατρών (μεταξύ των οποίων και ο Λάκης Νικολάου), να συνεχίσει την καριέρα του.
Επειτα όμως από ακόμη μια χρονιά ταλαιπωρίας, ο Μιχάλης Παυλής σε ηλικία 24 ετών πήρε τη δυσκολότερη ίσως απόφαση της ζωής του, να σταματήσει το ποδόσφαιρο! «Το ωραιότερο παραμύθι της ζωής μου δυστυχώς τελειώνει εδώ» ανέφερε στην ανακοίνωση που εξέδωσε και εξηγούσε: «Με μεγάλη λύπη ανακοινώνω την απόφασή μου να αποχωρήσω από την ενεργό δράση. Δυστυχώς, το πρόβλημα υγείας που αντιμετωπίζω δεν μου επιτρέπει να συνεχίσω να προσφέρω τις υπηρεσίες μου στην ομάδα που λάτρεψα. Υπερέβαλλα εαυτόν τα τελευταία τέσσερα χρόνια, κάνοντας αρκετές θυσίες για να καταπολεμήσω το πρόβλημά μου. Ομως, όπως όλοι γνωρίζετε, το επάγγελμα του ποδοσφαιριστή απαιτεί απόλυτη συγκέντρωση, συνεχή πίεση, καταπόνηση του οργανισμού και ένταση δουλειάς στο μάξιμουμ. Ολα αυτά δεν μου επέτρεπαν να είμαι καλά στην υγεία μου».
Καταλήγοντας, ο Μιχάλης ευχαρίστησε την οικογένειά του και εκείνη της ΑΕΚ που τον στήριξαν και δήλωσε πιστός στρατιώτης των «κιτρινόμαυρων», διατεθειμένος να προσφέρει ό,τι, όπου και όποτε του ζητηθεί. Θεωρείται βέβαιο ότι η διοίκηση του «Δικεφάλου» θα διατηρήσει τον Παυλή στην οικογένεια του συλλόγου, δίνοντάς του θέση σε κάποιο πόστο στα Σπάτα.
Ο Μιχάλης είχε εντοπιστεί το 2006 από τον Σαβέβσκι και φόρεσε τότε τη φανέλα των τμημάτων υποδομής. Το 2007 πήρε μέρος στην προετοιμασία της πρώτης ομάδας. Με προπονητή τον Λορέντζο Σέρα Φερέρ αγωνίστηκε στα προκριματικά του Τσάμπιονς Λιγκ. Εκείνη την περίοδο του βγήκε και το παρατσούκλι «νέος Ντέμης».
Στα πρώτα δύο χρόνια του στην «Ενωση» έπαιξε κυρίως ως αλλαγή. Πέτυχε 2 γκολ σε 15 αγώνες. Τον Μάιο του 2010 έγινε γνωστό ότι αντιμετώπιζε σοβαρό πρόβλημα υγείας, ενώ ο ίδιος μίλησε με λεπτομέρειες για αυτό τρία χρόνια αργότερα σε συνέντευξή του, συγκινώντας το φίλαθλο κοινό.
Τον Αύγουστο του ίδιου χρόνου μετακόμισε δανεικός στα Τρίκαλα, όπου δεν έπαιξε ποτέ. Πήγε άμεσα στον Εθνικό Αστέρα και παρέμεινε στην Καισαριανή μέχρι τον Ιανουάριο του 2011. Το καλοκαίρι μένει ελεύθερος από την ΑΕΚ και αγωνίστηλε σε Ελπιδοφόρο και Καβάλα. Τον Ιούλιο του 2013 αυτοπροτάθηκε στην «Ενωση» και υπέγραψε συμβόλαιο. Φέτος, ο Παυλής δέχτηκε να μείνει με πολύ λίγα χρήματα, καθώς ήθελε να βρίσκεται στην «κιτρινόμαυρη» οικογένεια. Συνολικά αγωνίστηκε 51 φορές με τη φανέλα της ΑΕΚ, πετυχαίνοντας έξι τέρματα.
