Κηρύχθηκε αρχαιολογικός χώρος ολόκληρη η Μακρόνησος, ύστερα από πρόταση της Εφορείας Αρχαιοτήτων ΚυκλάδωνΜε ομόφωνη γνωμοδότηση των μελών του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου -κατά την πρόσφατη συνεδρίασή του- κηρύχθηκε αρχαιολογικός χώρος ολόκληρη η Μακρόνησος, ύστερα από πρόταση της Εφορείας Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, η οποία τα τελευταία χρόνια διεξάγει στο νησί έρευνες πεδίου.
Η Μακρόνησος, γνωστή ως πεδίο δραματικών στιγμών της σύγχρονης ελληνικής Ιστορίας, προστατεύεται ήδη από το 1989, όταν κηρύχθηκε ιστορικός τόπος, ενώ τα κατάλοιπα των στρατοπέδων του νησιού κηρύχθηκαν διατηρητέα κτίρια. Επιπροσθέτως, για την προστασία των καταλοίπων της σύγχρονης Ιστορίας θεσμοθετήθηκαν από το 1995 ειδικές χρήσεις γης.
Επειτα από εκτεταμένες έρευνες της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων οριοθετήθηκαν και κηρύχθηκαν το 2015 στην περιοχή της Μακρονήσου πέντε αρχαία ναυάγια, τα οποία χρονολογούνται από τη Μέση Ελληνιστική έως τις αρχές της Υστερορωμαϊκής Περιόδου.
Τα πρώτα ανθρωπογενή κατάλοιπα στη Μακρόνησο ανάγονται στα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ., ενώ ο πρώτος εντοπισμένος οικισμός του νησιού ιδρύθηκε στη θέση Προβάτσα, στα δυτικά του νησιού, κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού. Κατά τους αρχαϊκούς χρόνους ιδρύθηκε ο κύριος οικισμός του νησιού, η χρήση του οποίου μαρτυρείται, με τα δεδομένα της έρευνας, έως τον 6ο-7ο αι. μ.Χ., ενώ έχει εντοπιστεί και το νεκροταφείο της Κλασικής Περιόδου.
