Ένα σοβαρό θεσμικό ζήτημα εγείρει η αιφνιδιαστική νομοθετική πρωτοβουλία της κυβέρνησης, η οποία προκάλεσε την άμεση και σφοδρή αντίδραση της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας. Η επικεφαλής της, Λάουρα Κοβέσι, απέστειλε μια άκρως επικριτική επιστολή στον υπουργό Δικαιοσύνης, Γιώργο Φλωρίδη, εκφράζοντας την έντονη δυσαρέσκεια και την έκδηλη ανησυχία της για την τροπολογία που κατατέθηκε στο παρά πέντε της ψήφισης.
Η συγκεκριμένη διάταξη, η οποία εισάγεται με τη διαδικασία του κατεπείγοντος, προβλέπει την επιτάχυνση της εκδίκασης ποινικών υποθέσεων που αφορούν μέλη του Κοινοβουλίου. Ωστόσο, η Ευρωπαία Εισαγγελέας θεωρεί ότι η κίνηση αυτή αποτελεί μια ευθεία προσπάθεια παράκαμψης και αποκλεισμού των εντεταλμένων Ευρωπαίων εισαγγελέων από υποθέσεις που άπτονται των αρμοδιοτήτων τους, δημιουργώντας ένα προνομιακό καθεστώς προστασίας για το πολιτικό προσωπικό της χώρας.
Η επίμαχη ρύθμιση ορίζει ρητά πως για τα κακουργήματα που αφορούν βουλευτές, η ανάκριση θα διεξάγεται υποχρεωτικά από ειδικό εφέτη ανακριτή, κατά παρέκκλιση κάθε άλλης γενικής ή ειδικής διάταξης. Αυτή η διατύπωση έχει προκαλέσει αντιδράσεις, με κύκλους της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας να επισημαίνουν ότι είναι σαφώς ασυμβίβαστη με τον ευρωπαϊκό κανονισμό λειτουργίας της, καθώς δεν εξαιρεί από την εφαρμογή της τις υποθέσεις που εμπίπτουν στη δική της δικαιοδοσία.
Παράλληλα, η τροπολογία έρχεται σε σύγκρουση και με την ίδια την ελληνική νομοθεσία, η οποία αναγνωρίζει στους Ευρωπαίους εισαγγελείς όλες τις εξουσίες ενός ανακριτή, με μόνες εξαιρέσεις την εξέταση του κατηγορουμένου και τη λήψη αποφάσεων για περιοριστικά μέτρα ή προσωρινή κράτηση.
Με την ανάθεση της κύριας έρευνας αποκλειστικά σε εθνικό ανακριτή, η κυβέρνηση κατηγορείται ότι αγνοεί πλήρως το δίκαιο της Ευρωπαϊκής Ένωσης και εισάγει μια ανεπίτρεπτη διαφοροποίηση στη μεταχείριση των πολιτών που ερευνώνται για οικονομικά ή άλλα αδικήματα.
Πηγές από την Ευρωπαϊκή Εισαγγελία τονίζουν ότι αυτά τα εξαιρετικά πιεστικά χρονοδιαγράμματα είναι ικανά να περιορίσουν σημαντικά τη δυνατότητα για μια ουσιαστική και αποτελεσματική διερεύνηση, ιδιαίτερα σε υποθέσεις διαφθοράς ή κατάχρησης ευρωπαϊκών πόρων. Επιπλέον, έντονη είναι η ενόχληση για τη μεθοδολογία της κυβέρνησης, καθώς το νομοσχέδιο εισήχθη προς ψήφιση μόλις λίγες ώρες μετά την κατάθεσή του, εκμηδενίζοντας κάθε περιθώριο για δημόσιο διάλογο.
Στον αντίποδα, κυβερνητικές πηγές υποστηρίζουν ότι ο ρόλος του ειδικού εφέτη ανακριτή ταυτίζεται απόλυτα με όσα ήδη προβλέπει η νομοθεσία για τον ανακριτή στο πλαίσιο της Ευρωπαϊκής Εισαγγελίας. Όσον αφορά τα αυστηρά χρονοδιαγράμματα, η Αθήνα ισχυρίζεται ότι αυτά αποτελούσαν πάγια πρακτική για πολιτικούς και κρατικούς αξιωματούχους μέχρι το 2019, όταν και καταργήθηκαν από την προηγούμενη κυβέρνηση. Σύμφωνα με το υπουργείο Δικαιοσύνης, μοναδικός στόχος της τροπολογίας είναι η ταχύτερη δυνατή εκδίκαση υποθέσεων που έχουν μεγάλο πολιτικό και κοινωνικό αντίκτυπο, χωρίς αυτό να σημαίνει ότι γίνεται η παραμικρή έκπτωση στις αρχές της δίκαιης δίκης.